Le Comité dirige le Secrétariat. Dans le cadre de la planification pluriannuelle et en étroite collaboration avec les Académies suisses des sciences, il définit la stratégie que le Secrétariat met en œuvre au niveau opérationnel. Le Comité entretient des contacts avec tous les membres et fait appel à leur expertise ou à leur réseau pour atteindre des objectifs stratégiques, par exemple en matière de coopération internationale. Le Comité soutient également les sociétés membres - par exemple dans le cadre des Subsides aux sociétés membres - et encourage ainsi les activités interdisciplinaires. Le Comité est conseillé par le Conseil industriel pour les questions de stratégie et de politique industrielle et par le Conseil scientifique pour les questions de stratégie et de politique scientifique.